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1.【保姆级教学】Cytoscape绘制互作网络图详细教程,给文章精装修

Cytoscape绘制互作网络图详尽教程

一、Cytoscape软件介绍Cytoscape是一个开源软件平台，专门用于可视化分子相互作用网络和生物通路，并能将这些网络与注释、基因表达谱和其他状态数据集成。它提供了丰腴的工具和功能，帮助研究人员深入分析和理解繁琐的生物网络。目前最新版已更新到3.10.2。官网：https://cytoscape.org/下载地址：https://cytoscape.org/download

二、PPI分析获取PPI结果文件以上下调top20的差异基因为例，将基因列表导入STRING网站。选择Multiple proteins和物种信息，点击search，得到网络图。导出结果表格，选择TSV格式，便于Cytoscape软件打开。结果导入Cytoscape，开始美化导入数据：将TSV文件导入Cytoscape，设置第一列和第二列分别为source node和target node，得到初始图形。导入差异基因表格：添加基因的附加信息，如差异倍数、上下调信息等。设置节点颜色：按照Regulation列设置节点颜色，上调为红色，下调为蓝色。设置节点形状：选择圆形，并锁定纵横比。分析网络：使用tools工具栏中的analyze network功能，Degree列表示该节点连线的个数。删除或选择节点：使用Ctrl键+鼠标左键选择图形，delete键删除单独的节点。设置节点大小：按照Degree值设置节点大小，Degree值越大，节点形状越大。排列节点：选择Degree最大的节点，移动至旁边空白位置；选择Degree为10-12的节点，设置排列方式为环形；同样，选择剩下的节点，设置排列方式为环形，并调整环形大小。自定义字体和连线属性：左侧操作栏可以自定义字体大小、颜色等；点击左下角Edge，可以设置连线的属性。导出结果图片完成美化后，选择File->Export->As Image，导出结果图片。

三、ClueGO富集分析安装ClueGO插件进入https://apps.cytoscape.org/apps/cluego网站，安装ClueGO插件。安装成功后，在Cytoscape的Apps菜单栏可以看到ClueGO。GO富集分析输入差异表达基因列表，选择物种和背景基因集（默认有多种数据集，包括GO、KEGG、REACTOME、WIKIPATHWAY等）。设置阈值，只显示p<=0.05的term，点击运行。下方为GO富集结果，可以勾选展示不同的term，并导出富集结果。对网络图进行微调，使其更加美观。使用CluePedia插件展示富集结果安装CluePedia插件：https://apps.cytoscape.org/apps/cluepedia如果在线安装失败，可以下载CluePedia的jar文件，在Cytoscape中离线安装。使用CluePedia插件改变网络的展示形式，展示显著基因与pathway之间的联系，得到包含基因的pathway图。使用鼠标对edge进行微调，也可在Layout中进一步调整图片展示形式。

四、总结通过本文的详尽教程，我们了解了如何使用Cytoscape绘制PPI互作网络图，并使用ClueGO和CluePedia插件进行富集分析。Cytoscape提供了丰腴的工具和功能，帮助研究人员深入分析和理解繁琐的生物网络。同时，官网还有很多好用的app插件，大家可以多多尝试。希望本文能够帮助大家更好地使用Cytoscape进行生物网络分析和可视化。如有更多问题，欢迎咨询欧易生物学术团队。

2.Cytoscape软件 | 一个绘制互作信息的软件

Cytoscape软件介绍及简易使用指南Cytoscape是一款专注于绘制互作信息的软件，它能够帮助用户直观地展示和分析生物分子间的相互作用关系。以下是Cytoscape软件的安装和简易使用指南。

一、安装软件Cytoscape软件的安装过程相对简易，以下是针对Windows系统的安装流程：下载软件：访问Cytoscape的GitHub发布页面：https://github.com/cytoscape/cytoscape/releases/tag/3.10.0。在该页面找到并下载“Cytoscape_3_10_0_windows_64bit.exe”安装包。运行安装包：双击下载的“Cytoscape_3_10_0_windows_64bit.exe”文件，开始安装过程。自动下载JAVA：在安装过程中，软件会自动检测并下载适合的JAVA版本（如果尚未安装）。完成安装：按照安装向导的提示，点击“Next”选择接受协议、选择合适的磁盘位置等，最后点击“Finish”完成安装。

二、简易使用以下是Cytoscape软件的基本使用步骤，包括准备互作信息文件、导入文件、修改图形属性以及导出图片等。准备互作信息文件：创建一个名为“test.txt”的文本文件，其中包含互作信息。该文件的具体格式和内容应根据实际需求进行定义。导入互作信息文件：打开Cytoscape软件。点击软件界面上的相应图标（通常是一个文件夹或导入按钮），选择并导入之前准备的“test.txt”文件。初始图形展示：导入文件后，软件将自动生成一个初始的互作图。此时，图形可能比较简易，需要进一步修改和优化。修改图形属性：点击“Style”选项卡，进入图形属性修改界面。在该界面中，可以修改Node（点）、Edge（边）、Network和Column等四个互作图特征的属性。Node属性：包括点的形状、颜色、大小、透明度、标签等。Edge属性：包括边的粗细、颜色、箭头等。通过调整这些属性，可以使互作图更加美观和易于理解。导入注释文件：创建一个名为“Anno.txt”的注释文件，其中包含Type和Exp_quantity等额外信息。在Cytoscape软件中，点击相应图标导入该注释文件。导入后，将在Node Table中看到新增的列，这些列包含了注释文件中的信息。生成繁琐图形：利用注释文件中的信息，可以通过Group Attributes Layout等功能生成更加繁琐的图形，如圆形网络图、同心圆图等。通过拖动节点和调整属性，可以进一步优化图形的布局和外观。导出图片：完成图形修改后，点击软件界面上的导出图标（通常是一个保存按钮或相机图标）。选择“Export as image”选项，将图形导出为图片文件。

三、图形示例以下是Cytoscape软件生成的一些图形示例：初始图：导入互作信息文件后生成的初始图形，可能比较简易且缺乏细节。修改后的图形：通过调整Node和Edge属性后得到的更加美观和易于理解的图形。繁琐图形：利用注释文件和Group Attributes Layout等功能生成的繁琐图形，如圆形网络图和同心圆图等。（注：由于文本格式限制，无法直接展示图片。但您可以按照上述步骤在Cytoscape软件中生成并查看这些图形。）

四、总结Cytoscape是一款功能强盛的互作信息绘制软件，它能够帮助用户直观地展示和分析生物分子间的相互作用关系。通过简易的安装和配置，用户可以轻松地使用该软件生成各种繁琐的互作图。同时，Cytoscape还提供了丰腴的图形属性修改选项和注释文件导入功能，使得用户可以更加灵活地定制和优化图形。无论是初学者还是高级用户，都可以通过学习和实践来掌握Cytoscape的使用技巧，并将其应用于实际的生物信息学研究中。

3....| (五)蛋白互作网络分析(STRING + Cytoscape)

蛋白互作网络分析（STRING + Cytoscape）实操指南蛋白互作网络（Protein–protein interaction, PPI network）是描述一组蛋白间相互作用关系的分析方式，它通过将多个蛋白间的相互作用关系以线条连接形成网状结构，帮助我们明确蛋白之间的相互作用，并筛选关键节点蛋白。本文将通过一个实例展示如何使用STRING数据库和Cytoscape软件进行蛋白互作网络的绘制和分析。

一、PPI信息获取（STRING数据库）导入蛋白列表访问STRING数据库（网址：https://cn.string-db.org/）。在Multiple proteins界面粘贴或上传待分析的蛋白ID列表。选择样品的物种来源，如人源对应Homo sapiens。点击SEARCH进行搜索。查看并调整PPI网络搜索后，会转到总结界面，注意核对反馈的蛋白数目。点击CONTINUE，获得初步的蛋白互作网络。在设置界面（Viewers、Legend、Settings、Analysis、Exports、Cluster、More/Less）中，可以调整蛋白相互作用评分的范围、类型、数据来源等，以获得不同可信程度的PPI网络。聚类与导出在Clusters区域，通过不同算法对相互作用蛋白进行分簇，将互作网络划分为不同聚类。在Exports区域，导出不同格式的互作网络分析结果，通常可下载蛋白互作TSV文件进行后续美化和分析。

二、使用Cytoscape软件对蛋白互作网络进行分析和美化下载安装Cytoscape软件访问Cytoscape官网（网址：https://cytoscape.org/）下载并安装软件。导入蛋白互作信息在Cytoscape主界面的file – i